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朝起きて、ふと「癖と習慣という言葉には、明確な違いはあるのだろうか?」と思い、ググってみました。
「癖」・・偏った好みや習慣。ある状態になって元に戻しにくい身に染み付いた行い。
「習慣」・・日常の決まりきった行い。しきたり。
「癖」の方がタチが悪いような気がします。
無意識にしてしまうから直しにくいような感じ。 
Yahoo!知恵袋より
何となく分かります。癖は「習慣の中でも、偏った、直しにくくてタチの悪いもの」とされています。
「習慣」とは反復学習によって獲得された「一定の行動パターン」であり、「癖」というのは、そのような行動や行動の選択などに見られる「個体の特徴」だと思います。
「習慣」にしましても「癖」にしましても、どちらも同様に「個体差・個人差」というものがあります。ですが、このふたつには、その「個体差」というものを決定している要因に大きな違いがあります。それは、「習慣行動における個体差」、即ちそれぞれの個体の「行動パターンの違い」を決定しているのは「環境や目的」といった「外的要因」であるのに対しまして、「癖」としてそれを特徴付けているのが「個体独自の反応や判断」といった「内的要因」であるということです。 
OKWaveより) 
こちらでは癖は「習慣の中で「個体独自の反応や判断」といった「内的要因」によって特徴付けられているもの」とされています。やはり、癖は習慣の一部という位置づけです。 

それでは、英語だとどうなのでしょう?
customとhabit「習慣」の違い

◇ 伝えたかった内容
寝る前にジュースを飲む癖がある

◇ 誤英語
I have a custom to drink a juice before going to bed.

◇ 伝わった内容
寝る前に100%ジュースを飲む慣習がある

◇ 訂正英語
I have a habit of drinking a soft drink before going to bed.

▼ なぜ通じない!? 
customは社会で長期間行われてきた「習慣/慣習」という意味です。個人的に行う「習慣/クセ」はhabitに。形はhabit of ~ingにします。 
英会話教室より) 
英語でも用法に違いがあり、社会で長期間行われてきたものが「custom=習慣」、個人的に行うものが「habit=癖」となるそうです。

ここまで調べてみると、何だか習慣は世の中的にも認められた良いもので、癖は悪いもののように感じられてしまいますが、「癖=個性」だと考えると多少は良いもののようにも思えます。

早起きの習慣、とか、夜寝る前に歯を磨く習慣、というものは個性とまでは言えないですよね。反対に、つい足を組んでしまう癖とか、関節を鳴らしてしまう癖などは、あまり褒められたものでもないですが、その方を特徴付ける個性とも言えますので、あまり癖を悪いものとばかり考えなくてもよいのかもしれません。

こうやって何でもポジティブに受け止めようとする私の性質は、習慣なのでしょうか、癖なのでしょうか。うーん、結局明確な違いはないのかも・・・。